I det 25. århundrede er menneskeheden begyndt at transformere Mars. Gigantiske virksomheder, sponsoreret af Verdensregeringen på Jorden, har igangsat store projekter for at hæve temperaturen, iltniveauet samt skabe have på planeten, så klimaet kan blive beboeligt. I Terraforming Mars spiller du som en af disse store virksomheder, som arbejder sammen om at gøre Mars beboelig, men også konkurrerer om at få flest sejrspoint, som ikke kun bliver tildelt for at hjælpe med transformeringsprocessen, men også for at forbedre menneskets infrastruktur i solsystemet, og ved at gøre andre prisværdige ting.